Zur Kritik:

Zeile 1: Das -w weg und statt dessen "use warnings" benutzen
Zeile 9-13: Nicht machen. Schreib my vor die Variable, wenn sie zum ersten mal gebraucht wird.
Zeile 22: Wird nie gebraucht. Und allgemein gängiger wär wohl "time"
Zeile 25: Erstens ist der Name unglücklich, ich würd eher $in_file_name nehmen, zweitens würd ich mir eine durchgehende Konvention für Variablennamen überlegen. Gängig ist $klein_mit_unterstrichen. Und hier dann das my davor.
Zeile 27: Der if ist sehr unglücklich, weil wenn der nicht zutrifft geht's relativ undefiniert ab ins Gemüse
Zeile 28, 29: open so benutzen: open(my $in_file, '<', $in_file_name), evtl. kann man die Fehlermeldung noch ein klein weniger gesprächig machen.
Zeile 31: ich würd eher nen while benutzen.
while (my $line = <$in_file>) { next if $line !~ /^GO./ . Das list nicht gleich die ganze Datei ein und spart Speicher und ich (persönlich) finds lesbarer.
Zeile 33-37: Variablen durchzunumerieren ist eigentlich nicht im Sinne des Erfinders. Es hat sich wer was dabei gedacht, dass man Namen vergeben kann, die müssen nicht <Datentyp><nummer> sein.

Und dann find ich diese übermässig benutzten Trenner eher störend als hilfreich.