Im Prinzip soll das so aussehen:
SSI setzt eine Umgebungsvariable mit dem Wert 1
Das Perlscript liest die Umgebungsvariable und ändert nach positivem Durchlauf einiger Prüffunktionen den Wert der Umgebungsvariablen auf 0

Mit system() hab ich das auch bereits probiert; aber auch da wird ja eine separate shell gestartet - also war das Ergebnis negativ.

PHP bietet da eine Funktion apache_setenv() die angeblich derlei Änderungen auch dann sichtbar hält wenn das script beendet ist.
Um diese Funktion einzusetzen müsste ich allerdings das gesamte Perlscript nach PHP umschreiben - und davor graust es mir.