Möglicherweise kommt dein Problem nicht zuletzt von einem gründlichen Missverständnis von 2-dim. Arrays in Perl. Ich versuche mal die Grundlagen vereinfacht zu erklären.

In Perl gibt es keine 2-dim. Arrays. Statt dessen gibt es Arrays of Arrays (kurz AoA). Das bedeutet, dass die Werte eines AoA keine Zahlen oder Strings sind, sondern Referenzen auf andere Arrays, die dann die eigentlichen Werte enthalten. Beispielsweise ist beim AoA @a der dritte Wert $a[2] eine Ref. auf ein Array. Auf dieses Array kann man auf verschiedene Weise zugreifen, z. B. mit . Natürlich kannst du auch direkt auf die Werte zugreifen, etwa