Benutz kein shared hosting.
Ehrlich, die paar Euro, die man spart, verbraucht man viel zu schnell mit dem debugging von solchen Problemen.

Hier geht's vermutlich nicht um Perl, sondern um Buffering des Webservers, such in die Richtung weiter, teste das & kontaktiere deinen Provider.
Und stell auf managed server um, dann ersparst du dir viel Arbeit.