CGI updaten wäre sehr viel Aufwand. Ob das was ändert?
Den Rest deiner Antwort verstehe ich nicht.
Was meinst du mit Programme die nicht über mehr SSL laufen?
Und welchen Zweck hat die Weiche mit $ENV{HTTPS}? Wenn ich über die .htaccess den Zugriff über http ausschließe braucht man das doch nicht, oder?