Diese Funktion encodeky2 würde ich dir gleich komplett durchsteichen (was soll das werden?!) und möchte nochmal auf das von GwenDragon gesagte hinweisen.

Zeig Code mit:

• DBI->connect(erste Datenbank);
• DBI->connect(zweite Datenbank);
• Dann ein select aus der ersten DB und das Speichern in einer Variablen $gelesenerString
• optimalerweise einmal "print Dumper $gelesenerString", ggf auch doch Dump aus Devel::Peek auf den $gelesenenString machen. Das sollte darüber Aufschluss geben, was du wirklich wie liest
• Dann das insert.

Kann doch nicht so schwierig sein. Leg doch einfach eine Tabelle "TestEncoding" in beiden DBs an und fülle da Teststrings rein. Dann obiges Programm ausführen und schon wird das Problem hoffentlich deutlicher.