So, ich habe das Problem jetzt gelöst.
Ich habe den $checker1 jetzt ganz weggelassen und stattdessen nur mit dem $checker2 gearbeitet.
Habe also den $checker 1 mit <\?align "ac${checker2}"\?> ersetzt.
Jetzt funktioniert es. Warum das allerdings mit $checker1 - dessen Inhalt ja identisch ist - nicht funktioniert, verstehe ich immer noch nicht.