Du könntest alle Vorkommen von Whitespaces durch ein Whitespace ersetzen.
Wenn die Strings nur wenig unterschiedlich lang sind, wäre evtl. ein Tab eine passende Wahl.
Was man da benutzen und wie genau, hängt dabei von Deinen Daten ab und wie groß die Varianz der Längen innerhalb einer Spalte ist.

Wenn Zeilenweise gelesen wird, könnte jede Zeile mit s/\s+/\t/g bearbeitet werden.

Wie das in emacs funktioniert, weiß ich nicht; ich benutze vim ;-)