Bei "Datenbank in einer Datei" ist mir auch sofort SQLite eingefallen.

Allerdings kommt danach noch: "Ich würde gern etwas selbst gestricktes ersetzen und keine 'echte' DB verwenden."

Statt in einer SQL-Datenbank kann man die Daten auch in einer reinen Perl-Datenstruktur organisieren. (Ineinander geschachtelte Hashes und Arrays) Die sind meist flexibler und einfacher zu verändern. Kommt halt ganz auf die individuellen Anforderungen, Vorkenntnisse (SQL vs. Perl) und Vorlieben an.
Um Perl-Datenstrukturen in eine Datei zu schreiben und wieder einzulesen kann man Storable oder Data::Dumper nehmen.