Jetzt hab ich die Lösung selber gefunden. Wenn man in IntelliJ ein Eclipse-Projekt importiert, kann man einstellen, ob es das bestehende Eclipse-Verzeichnis oder ein neues Verzeichnis verwenden soll. Bei Anlage eines neuen Verzeichnisses werden nur die iml-Datein mit Verweisen auf das Ursprungsprojekt angelegt. Somit findet er im Verzeichnis der iml-Datei nicht die standardfunktionen.pl.
Wenn man die existierende Projektstruktur verwendet, funktioniert es.