Anmerkung am Rande:

An welchen und wie vielen Stellen brauchst Du eigentlich die korrigierten Zeitstempel?

Aus #use Win32::UTCFileTime qw(:globally); lässt sich vermuten, dass das auch so im produktiven Code steht.

Das überschreibt aber eben die CORE-Funktionen (wie in der Doku auch zu lesen ist) und beeinflusst damit auch das Verhalten von weiteren Modulen, die diese Funktionen benutzen, hier beispielsweise Archive::Zip.

Ohne das :globally sollte es die Funktionen nur in dem Package überschreiben, wo es auch eingebunden wird.
Damit müsste es dann (theoretisch) in Deinem/Deinen Modul(en), wo es benötigt (und jeweils eingebunden) wird, zur Verfügung stehen und andere Module wie Archive::Zip dann die originalen Funktionen benutzen können.