Immer mal langsam... da geht ein bisschen was durcheinander.

• FastCGI spielt in Deinem Programm keine Rolle.
• "Perl-Unterstützung" ist beim Apache Webserver ein mit einkompiliertes Perl, mit dem man dann mod_perl benutzen kann.
• Du benutzt CGI, und Plesk sagt CGI-Unterstützung An. Das ist völlig ausreichend. Dem CGI-Mechanismus ist es egal, in welcher Programmiersprache das Programm dahinter geschrieben ist. Die Kommunikation zwischen dem Webserver und Deinem Programm funktioniert ja soweit, dass Du auf die Fehlerseite weitergeleitet wirst.

In Deinem Programm leitest Du an drei verschiedenen Stellen auf die Fehlerseite weiter. Wenn Du keine drei verschiedenen Fehlerseiten bauen willst, dann solltest Du zumindest etwas ins Error-Log schreiben (denn aus dem hast Du ja zitiert. Da steht übrigens auch cgid, das ist das Apache-Modul, das die CGI-Unterstützung bereitstellt): Das kann man aus CGI-Programmen mit warn erledigen.

Dein Skript feuert dann einen Sack von Kommandos an den IRC-Server ab, ohne zwischendrin auch mal die Antworten einzusammeln. Vielleicht teilt Dir der Server etwas mit, was eine konkrete Antwort erfordert. Er könnte zum Beispiel bei USER mitteilen, dass er den Mode B nicht versteht. Im Debugger könntest Du nach jedem $s->print auch mal das Debugger-Kommando p <$s> absetzen, um das rauszufinden.

Möglicherweise hast Du auch mit einem Antispam-Programm des IRC-Servers zu tun. Schau' mal Dein Skript genau an: Anmelden mit Zufalls-ID, irgendwas abfeuern und dann schnell wieder weg. Das ist genau die Arbeitsweise von IRC-Spammern. Wenn Du das schon ein paarmal hast laufen lassen, dann ist die IP-Adresse Deines Webservers vermutlich schon blockiert.