Die BOM ist eigentlich gar kein Format - das ist ein einzelnes Unicode-Zeichen, die "Byte Order Mark". So eine Markierung braucht UTF-16, um festzulegen, ob das höherwertige oder das niedrigwertige Byte zuerst kommt.

Du hast leider nicht geschrieben, woran Dein Skript scheitert, aber es sieht danach aus, dass Du beim Schreiben keine BOM erzeugst.

Es sollte funktionieren, wenn Du vor print CONF $contents; eine Zeile einfügst:

In Deinem Einzeiler wird die BOM einfach von STDIN nach STDOUT kopiert, deswegen funktioniert das!