Ich hatte bisher noch keine Probleme mit Storable, kenne aber Situationen in denen das Sperren von Dateien nicht den gewünschten Effekt hat:

• Generell ist flock nur eine "advisory" Sperre, die verhindert nicht wirklich, das andere Prozesse eine Datei öffnen.
  
• Wenn die Datei auf einem Netzwerk liegt (Samba, NFS), dann wirkt die Sperre nicht gegen Zugriffe von anderen Systemen.

Ich habe in solchen Fällen auch schon die neue Version in einer neuen Datei auf dem gleichen Dateisystem geschrieben und dann mit rename die alte ersetzt. Das gleiche Dateisystem ist wichtig, damit das rename atomar abläuft. Eine temporäre Datei tut's nicht, die liegt da, wo /tmp montiert ist, und das kann irgendwo sein.