CGI-Applikationen leben immer nur solange, wie sie die Anfrage des Webclients bearbeiten. Daher kann man in einem CGI-Programm kaum sinnvoll Threads verwenden.

Um HTTP-Anfragen mit persistent laufenden Programmen zu bearbeiten, muss man entweder seinen eigenen Webserver selbst schreiben, direkt im Webserver ansetzen und zum Beispiel einen mod_perl-Handler statt eines CGIs schreiben, oder seine Anwendung über ein Protokoll wie FastCGI oder SCGI an den Webserver anbinden. Diverse Webapplikationsframeworks unterstützen diese Methoden. CGI::Application sollte, wenn ich mich richtig erinnere, zum Beispiel auch mit FastCGI verwendbar sein.

Falls nur "normale" CGIs in Frage kommen, kann man nur noch mit separaten Prozessen anstelle von Threads arbeiten. Die Kommunikation zwischen mehreren Prozessen kann durchaus kompliziert werden, solange es aber nur um das Starten und Stoppen geht, reichen Signale aus und das Management beschränkt sich auf Aufrufe von fork und kill.