eben, außer chmod. und bei php ist ja beinahe alles, was php kann, schon builtin. PEAR wird, soweit ich das mitbekomme, selten genutzt. alles, was die scripts können, bringen sie in purephp mit. nur hochladen und meist dann install.php aufrufen. das fragt dich dann nach datenbank, installverzeichnis etc pp und schreibt die configfiles, macht den chmod für die datenverzeichnisse und richtet dir deine db entsprechend ein.