Bei mod_rewrite würde ja im Prinzip eine Regel reichen:

Alles was mit .pl aufhört, bekommt ein /cgi-bin/

Das mit der .html-Endung ist dann etwas schwieriger; entweder Du hast dann gar keine statische Seiten mehr und alles wird durch Skripte gemacht, oder Du musst wieder von einem spezifischen Pfad ausgehen. Sonst kann niemand unterscheiden, ob die aufgerufene .html-Datei eine statische Seite oder eigentlich ein Skript ist.