Ich glaube, Du hast mich da etwas missverstanden. Wenn Du nur kleine Änderungen machen musst, um Deine Scripte unter mod_perl mithilfe von Apache::Registry oder Apache::PerlRun zum Laufen bekommst lohnt sich der Aufwand, da der Unterschied zwischen Apache::Registry und CGI ungefähr bei Faktor 2 - 4 liegt. Denselben Faktor hast Du beim Vergleich zwischen Apache::PerlRun und Apache::Registry. Allerdings erzielt Du die höchste Performance beim Schreiben von reinen mod_perl Scripts, die dann allerdings nicht mehr unter CGI laufen würden. Reine mod-perl Scripts sind im Durchschnitt 10-25x schneller als vergleichbare unter CGI.
Der Aufwand beim Ändern der CGI-Scripte hängt in erster Linie davon ab, wie sauber Du bereits das Script für CGI-Umgebung geschrieben hast.