Es liest sich so, als wäre es eigentlich kein Programmierproblem, sondern ein Rechteproblem. Das CGI-Skript wird vom Standarduser des Webservers (häufig nobody) ausgeführt. Dieser hat allerdings die wenigsten Rechte.
Du musst sicherstellen, dass das Programm, das Du ausführen willst, auch für ALLE ausführbar sein muss (Stichwort chmod 755).

Ansonsten musst Du probieren, mal was zu suexec herauszufinden... (Für Apache-Webserver: http://httpd.apache.org/docs/suexec.html )
Man sollte allerdings auch bedenken, dass dies ein gewisses Sicherheitsrisiko darstellt!\n\n

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