Erstmal würde ich rausbekommen, was du jetzt wirklich für einen Tabellen-Typ hast. Geh am besten mal in die MySQL-Konsole und mach ein [sql]SHOW TABLE STATUS[/sql]. Wenn da BerkeleyDB steht hast du ja noch BDB. Habe noch nie gehört, dass sich der Tabellen-Typ "von selbst" ändert...
Als nächstes würde ich checken, ob deine DBD::mysql Version Transaktionen überhaupt unterstützt. Das geht nämlich noch gar nicht so lange.
Prinzipiell funktioniert das ganze, hab das auch im Einsatz.

macMeck