Fuer den Apache gibts das mod_evasive, das teilweise gegen DOS was bringen soll. Selbst eingesetzt hab ich das noch nie. Aber im Prinzip bist du da recht wehrlos...

Wegen den Mysql-Parametern: sollten die nicht in der Mysql-Doku erklaert werden, wofuer die gut sind? Eventuell kannst du auch mal Google befragen nach Punkten wie "Mysql performance tuning" oder aehnlichem.