Ja, das geht mit Perl ganz wunderbar. Du kannst mit LWP::UserAgent scripts schreiben, die HTTP-Requests stellen und damit die PHP-Scripts mit Daten befüllen und anschließend das Ergebnis auswerten - wenn es das ist, was du machen willst, ich bin nicht ganz sicher, ob ich dich richtig verstanden habe.
Du kannst die auch mit WWW::Mechanize befüllen lassen, wenn die Regelmäßigkeit der Formulare hoch ist.