Ah so, ich hatte tatsächlich nur verstanden, das Du den Upload mithilfe von JavaScript realisieren willst.
Ich würde Dir zur Sicherheit das Uploadscript in mod_perl empfehlen, da Du damit schon frühzeitig abfangen kannst, wenn ein Benutzer eine Datei mit einer falschen Endung oder eine zu große Datei hochladen will. Außerdem könntest Du feststellen, ob der Benutzer den Upload abgebrochen hat (freiwillig oder nicht) und die temporäre Datei löschen.