Deine Idee würde gehen.
Du kannst auch ein "Unter-Modul" für deine Applikation machen, welches du dann einbindest (auch mit require).
Wenn du das auch mit CGI::App erstellst kannst du mit header_props() einstellen, ob oder ob nichts gesendet werden soll.
Module kannst du eventuell nach Bedarf auch in cgiapp_prerun() laden.

Ich persönlich finde das Modul wirklich klasse und nutze es für mein CMS:
http://cms.berlios.de

Guck doch mal in den Code rein.
Er ist zwar noch nicht so aufgeräumt, aber für das, was du machen möchtest müssten beispiele drinne sein.
mfg pktm