@GwenDragon: Funktioniert leider nicht. Die php.exe scheint eine Datei als Parameter zu erwarten, keinen String. Es kommt die Fehlermeldung "No input file specified." Auch von der Konsole klappts nur, wenn ich die exe mit einer Datei aufrufe. Also muss ich mit dieser Lösung wohl doch zwischenspeichern.

@Strat und ptk: Vielleicht versteh ich euch falsch, aber hilft mir das denn weiter? Ich weiß nicht, ob es so klar rüber gekommen ist: Ich rufe per Browser mein Perl-Script auf und dieses gibt dann den Output an den Browser zurück. Ich möchte nur, dass der Output vorher durch den "PHP-Parser geschickt wird".