halte ich für einen guten plan, die alte version zu behalten - sollte gehen, wie du es beschreibst.
umbenennung vor dem installieren finde ich auch sinnvoll, die libs bleiben ja ohnehin unangetastet, da versionsnummer im verzeichnisnamen.
perl im src holst du dir zum beispiel von http://www.perl.com/download.csp und installierst es, die einstellungen werden während der installation vorgenommen (ansonsten readme lesen ;).

zur anderen frage: was wollen sie denn nicht / wie teilen sie dir das mit?
hast du mal zB ./script.pl statt nur script.pl versucht oder /pfad/zum/script/script.pl? mit der richtigen shebang und ausführbaren rechten sollte das gehen!