Naja, ich würd, wenns mit den Modulen nicht klappt, einfach selbst per opendir / readdir durch den Baum wandern und dabei die Dateien ins entsprechende Zielverzeichnis kopieren und ggf. fehlende Unterzeichnisse anlegen.

Aber bevor man das macht sollte man vielleicht feststellen, ob das Problem an den Pfaden der Form '\\Server\freigabe\pfad' liegen. Hast Du mal den gleichen Code mit zwei lokalen Verzeichnissen ausprobiert? Was passiert, wenn Du die Zielfreigabe unter einem Laufwerksbuchstaben freigibst? Ich hatte jedenfalls manchmal schon Probleme mit sowas.