Ich denke, du hattest meinen vorherigen Post noch nicht gesehen, als du zuletzt postetes.
Die Meldungen rühren von den undef-Werten, die als Hash-key verwendet werden (s.o.).
Hinweis, wie man herausfindet, was perl einem mit seinen Meldungen sagen will und man ansonsten keinen Plan hat:
Programm im Debugger zu der bewussten Stelle laufen lassen und sich die in der Zeile verwendeten Variablen (deren Inhalte) anschauen. Alternativ sich die Werte einfach per print (evtl. print STDERR) auf die Konsole ausgeben lassen. Das bringt einen oft schon weiter. In diesem Fall sieht man, dass $file undef ist, was noch nicht die Lösung aber ein guter Hinweis ist.