Dann solltest du dir mal das Thema CGI-Wrapper suexec von Apache durchlesen.
Anbei empfehle ich dir noch das Thema VirtualHosts.
Wichtig (steht nicht so explizit drin) Die DocumentRoot Verzeichnisse von den VirtualHosts müssen in dem DocumentRoot des CGI-Wrappers liegen, damit dieser funktioniert.

suexec hat auch ein eigenes ErrorLog woran man schon viele Fehler herauslesen kann.
/var/log/httpd/suexec_log (glaub ich)

Das dir hier zu erklären könnte etwas zu lang werden.
Lies dir die Doku mal durch http://httpd.apache.org/docs/


Gruß Alex