Opened by birkhauser at 2006-03-06 16:14
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Also mein Programm sieht bisher so aus:
Die Textdatei wird über ein HTML-Formular an das Programm per CGI geschickt. Der Pattern nach dem Gesucht werden soll wird ebenfalls über das Formular eingeben, sprich der string sieht je nach pattern immer anders aus.
Code: (dl
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#!/usr/bin/perl -w
use CGI qw/:standard/;
use BioinfoPerlModul;
use GZip;
$pattern=param('pattern');
$dateipfad=param('dateiname');
$download=param('download');
$pattern_html=Zufallswert();
open FILE2,">../docs/Site/files/pattern_html/$pattern_html.htm";
print FILE2
"<html><head><title>Hits Of Pattern<\/title>
<meta http-equiv='Content-Type' content='text\/html; charset=iso-8859-1'>
<link href='main.css' rel='stylesheet' type='text/css'>
<\/head>
<style type='text\/css'>
<!--
.stil3 {
color: �
background-color: #FF0000;
}
-->
<\/style>
<body>
<h1>Gefundene Sequenzen mit PATTERN:<\/h1><font size='3'>$pattern<\/font><p>
";
close(FILE2);
open FILE1, "$dateipfad" or die "Can't open $dateipfad!\n";
$Anzpattern=0;
$Anzseq=0;
$m=0;
$/=">";
#############################Aufruf Sub um Pattern für Perl zu definieren###############
$pattern_neu=pattern_design($pattern);
while (<FILE1>){
if (/(.*)\n([A-Za-z\n]+)/){
($header,$seq)=($1,$2);
$seq=~s/\s//g;
if ($i=$seq=~s/($pattern_neu)/<span class='stil3'>$1<\/span>/g){
$seq =~ s/([A-Z]{70})/$1<br>/sg;
open FILE2,">>../docs/Site/files/pattern_html/$pattern_html.htm";
print FILE2 "<font size='2'><strong>>$header<\/strong><\/font><br><font size='2'>$seq<\/font><p>";
close(FILE2);
$Anzseq=$Anzseq+1;
$Anzpattern+=$i;
print STDERR (length $seq)."\n";
}
}
}
close FILE1;
open FILE2,">>../docs/Site/files/pattern_html/$pattern_html.htm";
print FILE2"<p> <p><p><p>
$Anzpattern <span class='stil3'> PATTERN <\/span>in $Anzseq Sequenzen gefunden.<br><br>
<p><p><p>
<\/body>
<\/html>
";
close(FILE2);
if($download){
gzip_compress("../docs/Site/files/pattern_html/$pattern_html.htm");
print"
<!DOCTYPE HTML PUBLIC '-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN'>
<html>
<head>
<title>Untitled Document</title>
<meta http-equiv='Content-Type' content='text/html; charset=iso-8859-1'>
<link href='main.css' rel='stylesheet' type='text/css'>
</head>
<body>
<p>Ihre Zufallsequenzen wurden erzeugt.<br>
Klicken Sie auf Download um die komprimierte HTML-DAteiherunterzuladen!</p>
<form name='form1' method='get' action='../Site/files/pattern_html/$pattern_html.htm.gz'>
<input type='submit' name='Submit' value='Download'>
</form>
<p> </p>
</body>
</html>";
}
else {
print " <html>
<head>
<title>Codeoperator</title>
<meta http-equiv='Content-Type' content='text/html; charset=iso-8859-1'>
</head><script language=JavaScript>
function weiter()
{
location.href='http://127.0.0.1/Site/files/pattern_html/$pattern_html.htm';
}
</script>
<body onload=weiter()>
</body></html>";
}
Die Textdatei wird über ein HTML-Formular an das Programm per CGI geschickt. Der Pattern nach dem Gesucht werden soll wird ebenfalls über das Formular eingeben, sprich der string sieht je nach pattern immer anders aus.