1.) Ich empfehle auch SQLite oder ähnliches. Schnell, praktisch, wenig Aufwand.
2.) Warum muss der neue Datensatz am Anfang sein? Das Schreiben wird dadurch sehr ineffizient.
3.) Dein flock() ist nicht sicher, weil du vorher die Datei zum Schreiben öffnest. Durch das open DATABASE, '>', $database ... wird die Datei bereits auf Null Byte Länge gesetzt; ein paralleler Prozess könnte gerade zu diesem Zeitpunkt die (leere) Datei einlesen, womit die Datei danach nur noch aus einer Zeile besteht. Bei Webservern mit hoher Load passiert sowas innerhalb weniger Tage, wie Berichte hier im Forum schon gezeigt haben.
(s.a. perldoc -q "get locking")