use strict;

my @Server = qw(google google google web  gmx );
my @Pfad   = qw(start  start  test   mail sms );
my @Datei  = qw(index  start  login  test send);

my $l      = scalar @Server;

die "unterschiedlich große Arrays" if $l != scalar @Server or
                                       $l != scalar @Pfad   or
                                       $l != scalar @Datei  ;


my %Hash = ();

for my $index (0..$l-1) {
     # äußeren Hash-Schlüssel anlegen, Wert ist leeres anonymes Hash:
     $Hash{$Server[$index]} = {};
     # Pfad als Schlüssel eintragen und leeres anonymes Array als Wert:
     $Hash{$Server[$index]}->{$Pfad[$index]} = [];
}

# inneres Array füllen:
for my $index (0..$l-1) {
     push @{ $Hash{$Server[$index]}->{$Pfad[$index]} }, $Datei[$index];
}

use Data::Dumper;

print Dumper \%Hash;

$VAR1 = {
          'web' => {
                     'mail' => [
                                 'test'
                               ]
                   },
          'google' => {
                        'test' => [
                                    'login'
                                  ],
                        'start' => [
                                     'index',
                                     'start'
                                   ]
                      },
          'gmx' => {
                     'sms' => [
                                'send'
                              ]
                   }
        };