use strict;

my @Server = qw(google google google web  gmx );
my @Pfad   = qw(start  start  test   mail sms );
my @Datei  = qw(index  start  login  test send);

my $l      = scalar @Server;

die "unterschiedlich große Arrays" if $l != scalar @Server or
                                       $l != scalar @Pfad   or
                                       $l != scalar @Datei  ;

my %Hash = ( server => {} );

for my $index (0..$l-1) {
     # äußeren Hash-Schlüssel anlegen, Wert ist leeres anonymes Hash:
     $Hash{server}->{$Server[$index]} = {};
     # Pfad als Schlüssel eintragen und leeres anonymes Array als Wert:
     $Hash{server}->{$Server[$index]}->{folder} = { $Pfad[$index] => [] };
}

# inneres Array füllen:
for my $index (0..$l-1) {
     push @{ $Hash{server}->{$Server[$index]}->{folder}->{$Pfad[$index]} },
          $Datei[$index];
}

use Data::Dumper;

print Dumper \%Hash;

$VAR1 = {
           'server' => {
                         'web' => {
                                    'folder' => {
                                                  'mail' => [
                                                              'test'
                                                            ]
                                                }
                                  },
                         'google' => {
                                       'folder' => {
                                                     'test' => [
                                                                 'login'
                                                               ],
                                                     'start' => [
                                                                  'index',
                                                                  'start'
                                                                ]
                                                   }
                                     },
                         'gmx' => {
                                    'folder' => {
                                                  'sms' => [
                                                             'send'
                                                           ]
                                                }
                                  }
                       }
         };