Du solltest dir aber darüber im Klaren sein, dass bei Quoted-Printable-Kodierung nicht nur zusätzliche Zeilenumbrüche mit einem Gleichheitszeichen davor auftauchen, sondern auch alle Nicht-ASCII-Zeichen als Hexcodes gequoted werden. So lange keine Umlaute etc. in deinem Anhang auftauchen, geht es vielleicht gut ...

Für eine robustere Auswertung empfehle auch ich eines der MIME::-Module. Dazu müsste man aber wissen, wie der MIME-Header des Anhangs aussieht.

Bzgl. "while" vs. "for": Ein "while" ist immer besser zum Einlesen einer Datei, da ein "for" erste die gesamte Datei einliest, bevor die Schleife ausgeführt wird. Die beiden Codes sollten aber sonst äquivalent sein. Der entscheidende Unterschied zu deinem Code weiter oben ist natürlich, dass du das chomp() weggelassen hast: Wenn du erst alle Newlines entfernst und dann aber hinter jeder Zeile beim print() wieder ein Newline ausgibst, kannst du ja nicht die Zeilen zusammenfügen.