Basename liefert nicht den Dateinamen ohne Endung, sondern den Dateinamen oder den Pfad dazu. Beispiel:
liefert nur httpd.conf zurueck.
In deinem Fall muesstest du statt basename zu benutzen wohl eher die Endung abschneiden, bevor du in deiner for-Schleife die anderen Endungen dazupackst.

Ach ja, ein weiteres Problem mit basename: Perl wird die zu loeschenden Dateien dann wohl nicht finden, da es im aktuellen Verzeichnis nachsieht und nicht da, wo geloescht werden soll ;)