Mit so wenig Informationen fällt mir nur folgendes ein:

1) Versuche den Error-Level hochzusetzen, damit mehr Information ausgegeben wird.

2) Bastele Dir ein minimales LaTeX-Dokument und schaue, ob das durchläuft

3) Lassen sich Dokumente, bei denen der Fehler auftaucht fehlerlos durch LaTeX schicken?

4) Vielleicht musst Du Deinem Script sagen, wo die Style- und Package-Dateien liegen, denn wenn ein "\"-Makro unbekannt ist, heisst das für mich, dass die Stelle, an der es definiert wird, nicht includiert wird.

Als erstes solltest Du also versuchen das Problem zu lokalisieren. Kannst ja auch schrittweise Code aus dem Dokument rausschmeissen, bis es durchläuft, aber da würde ich erstmal nach 1) bis 4) schauen.

Viel Erfolg!

Gruß, Doc