activestate windows liefert wperl.exe...
liegt im bin verzeichnis. genauso wie perl.exe...
wenn du wperl.exe script.pl aufrufst - am besten eine verknüpfung irgendwo anlegen - wird das perl-script gestartet ohne die console zu starten....
dann siehst du im taskmgr das wperl läuft... und kannst es dort auch killen ... bzw. ab w2k kann man auch ne tastenkombination definieren, die dann ein bestimmtes programm killed...

oder du lässt das ganze als service laufen...