Leg doch als Namen so etwas fest: 'Checkbox#', wobei die # für die Accession-Nummer der Sequenz steht. Mit dem CGI-Modul kannst Du die Parameter in einen Hash einlesen und dann alle keys benutzen, die mit 'Checkbox' beginnen. Dann kannst Du auch gleich die Accession-Nummer auslesen...

Je nach DB-Aufbau, kannst Du die Accession-Nummer auch durch etwas anderes ersetzen...