Naja, das Skript bleibt ja persistent, deshalb ist es so schnell. Allerdings sollten Query-String und Variablen schon neu übergeben werden. Wenn du mit "my" neu deklarierst sollte das eigentlich funktionieren.
Hast du eventuell mal bei den Machern von perperl nachgefragt? Vielleicht haben die eine Maillinglist wo man mal etwas stöbern kann.

Was spricht eigentlich gegen den Einsatz von mod_perl, da gibt es hier mit Sicherheit mehr Unterstützung?