Allso ich schreibe in perl mit unter Programme von 3000 Zeilen und mehr. Ich habe keine Probleme mit Modulen und Funktionen und verwende gar keine Variablen die über ein Modul, oder Funktion hinaus wirken.
Hilfreich ist es die Funktionen auch zu Kommentieren und Namen zu geben die selbstklärend sind. Auch optische trenner wie "############"
sind hilfreich um nicht den Überblick zu verlieren.
Es kommt darauf an wie man das Organisiert. Es ist bei goßen Projekten sowiso günstig Module Objektorientiert zu gestalten, und bei der initialisiertung kann man problemlos Refernzen von Variablen an das Objekt übergeben. Da braucht man keine Globalen Variablen, da man mit den Referenzen arbeiten kann.

Bei Großen Projekten nutze ich ein Modul, in dem ich Variablen deponieren und auslesen kann. Ich kann es auch dazu nutzen den aktuellen staus eines Programmes ein zu frieren und gegebenfalls wieder alte Zustände wieder her zu stellen (hat aber auch seine grenzen.) Bei kleinen Programmen nutze ich meist ein Hash "%config" in das ich alle möglichen global wirkenden Variablen unterbringe, davon übergebe ich Refernezen an Funktionen und Objekte.

Ich bin mittlerweile zum Schluss gekommen, daß ein gutes Programm in seinem "main"-Modul nur Initialisierungen machen sollte. Alles weitere sollte in Module ausgelgert sein.