mach dir mal keinen kopf, das kommt vor. heute ist ja wieder ein tag. ;) der fehler kann auch ganz woanders liegen, s.u.

benutze einen systematischen ansatz. das könnte z.b. so aussehen:

1. prüfe dateien und verzeichnisse. du hast ja angesprochen, dass du zwei index.cgi dateien hast => ändere die in zwei eindeutige namen. etc.
2. prüfe die module, die symbole exportieren, mit einem testskript. danach bist du sicher, dass diese funktionieren. damit schließt du aus, dass sich zwei fehler überlagern und dich verwirren. du findest auf dem <!--cpan1--><a href="http://search.cpan.org/search?query=%22Test::Simpl..." target="_blank">CPAN: <!--cpan2--><!--cpan3--></a><!--cpan4--> module, mit denen das leicht gemacht wird.
3. prüfe jetzt erst die eigentlichen skripte, ob sie genauso wie die testskripte die module einziehen.

vielleicht fällt dir noch eine andere sinnvolle ordnung ein.
problem [aufspalten in] n subprobleme [aufspalten in] n*m subprobleme etc.

HTH