@renee:
Leider soll das ganze möglichst eine einzige Datei werden, daher schaue ich mir perlcc mal näher an, da könnte ich dann ja beliebig reinbuttern - weißt Du (oder jemand anders) ob perlcc alle Abhängigkeiten mit in die Bytecodedatei packt (oder wie der Kommandozeilenswitch dazu aussieht?)

@topeg:
Da ich eh 85% der Zeilen der Ursprungsdatei extrahieren und in eine der Zieldateien schreiben muß (mit Ausnahme der dupes) ist ein Zeilenweises parsen schon ok, danke!