Das splice() ist aber nicht das einzige was da nicht passt.

In deiner ersten for-Schleife ( for my $pos($satz[1]..$#satz) ) durchläufst du nicht das Array @satz vom 2. bis zum letzten Element.
Dort müsste eigentlich stehen: for my$pos (1..$#satz) oder for my$pos (1+$[..$#satz).

Die nächste if-Bedingung prüft dementsprechend auch nicht die richtigen Werte.

Welche Werte stehen in @satz und @datei ?
Du speicherst die Werte aus @datei wenn ein Wert in @satz mehrmals vorkommt, mit der jeweiligen Position in @satz.
Am Ende löschst du in beiden Arrays die Elemente an den Positionen wie sie in @satz vorkamen. ( Da ist ja noch der splice() Fehler )
Soll das so sein ?

Ausserdem verstehe ich nicht wieso du innerhalb der for-Schleife prüfst ob das quellelement schon bearbeitet wurde, durchlaufe doch einfach das gesamte Array @satz, dann kannst du den Kram mit $counter weglassen.

MfG