Servus,
wird die Mail oder das Template auf den *nix System via perl irgendwann als file gespeichert?
Wenn ja musst du die Datei mit binmode() schreiben, da Perl im text-mode automatisch das zum System passende Zeilenende setzt.

greetz & fetten Segen
manu
P.s: Wir hatten im PCE ein ähnliches Problem mit den EOLs