Ich weiss nicht, ob das jetzt hilft, aber ich habe in einem Programm von mir folgendermassen gehackt:
Zunaechst wird main.pl gestartet. Das schaut sich @ARGV ein wenig an, setzt je nach Befehlszeilenparameter ein paar globale Variablen, veraendert @INC eventuell und fuehrt dann

aus. Das ist sehr praktisch, da main2.pl nun einfach use Modul benutzen kann, was erst jetzt moeglich ist, da @INC entsprechend angepasst wurde.