zwischen .cgi und .pl gibt es so erstmal keinen unterschied, beide werden gleichermaßen interpretiert, wenn sie als cgi-scripts gekennzeichnet sind oder im cgi-bin liegen.

mod_perl hält a) deine scripts für die lebenszeit eines httpd-childs im speicher und sonst auch schon den gesamten perl-interpreter samt eingesetzter module. das bringt natürlich einfach einen großen performance-sprung, weil nicht jedes mal wieder ein neuer prozess für das cgi, der perlinterpreter in den speicher geladen, die syntax überprüft werden muss und das script anschließend compiliert werden muss (und wenn du module einsetzt, wird der aufwand dafür umso größer, was sogut wie jeder hier wohl intensiv tun, wozu das rad immer wieder neu erfinden). auf http://perl.apache.org findest du weitere informationen.