Wenn ich das richtig interpretiere, dann willst Du, wenn du z.B. system("ls") machst, die Prozessid von dem ausfuehrenden system()? Wenn ja, dann geht das nur ueber einen eigenen thread, welcher system() ausfuehrt.
Aber wenn Du ein extrenes Programm mit system() startest, kannst du auch die PID holen mit einigen Modulen oder von Hand per ps aux wieder in Kombination mit einem system().