Wenn du print header() mit dem Modul CGI ausgegeben hast, gibt das Modul iso8859-1 als Kodierung aus:

~perl -MCGI -e "print CGI::header()"
Content-Type: text/html; charset=ISO-8859-1

~


Deswegen solltest du bei Verwendung von CGI die Zeichenkodierung immer setzen.