Ich mache das so mit den Verzeichnissen, schreibe aber den ersten Buchstaben dabei immer groß.

Ich würde den Applikationsnamen ebenfalls im Modulnamen aufnehmen. Das reduziert die wahrscheinlichkeit Probleme mit Modulen aus dem CPAN zu haben.

Weiterhin ist es dir so auch Möglich die Applikation auf dem CPAN zu releasen. Wenn rein theoretisch gewünscht ist, und es OSS ist.

Die anfangsbuchstaben würde ich aber wie Crian schon sagte ebenfalls auch immer groß schreiben.

Bei mir ist der Applikationsname immer der Name der Klasse, also von der Struktur her so wie bei dir. Das vermindert auch das Risiko, mit dem Namensraum von anderen Modulen durcheinander zu kommen. Außerdem habe ich mich, wie Crian auch schon sagte, daran gewöhnt, Klassennamen immer mit einem Großbuchstaben beginnen zu lassen.