while schleifen (Allgemeines zu Perl)

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while schleifen

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+4 replies
Gast kai

2010-03-12 12:54
Hallo,
ich benutze noch nicht so lange Perl.
Ich habe folgendes Problem: ich rufe 2 mal die gleiche while schleife auf..
Code (perl): (dl )

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

my $hitname1; my $hitname2; while ( my $hit = $result->next_hit ) { $hitname1 = $hit->name(); print ">" . $hitname1; } while ( my $hit = $result->next_hit ) { $hitname2 = $hit->name(); while ( my $hsp = $hit->next_hsp ) { print ">" . $hitname2 ; .. } }
Als Ergebnis möchte ich eine Zusammenfassung alle hitnamen erhalten und darunter dann die einzelnen Ergebnisse,
das aussehen soll
Code: (dl )

1 2 3 4 5 6 7

>name1 >name2 >name1 Länge=2 etc ......... >name2 .........
Mein Problem ist das hitname2 leer ist und ich keine Idee habe wie das lösen kann.

edit (esskar): perl tags anstatt code tags
Last edited: 2010-03-12 12:56:55 +0100 (CET)
- esskar
  
  2010-03-12 13:00
  User since
  2003-08-04
  7321 Artikel
  ModeratorIn
  hallo.
  
  es liegt nicht an deiner while schleife sondern an deinem $result obect. ohne es zu wissen, denke ich, dass es ein Bio::Search::Hit::BlastPullHit object ist, oder?
  wenn ja, versuch es mal so:
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
  
  my $hitname1; my $hitname2; while ( my $hit = $result->next_hit ) { $hitname1 = $hit->name(); print ">" . $hitname1; } $result->rewind; # setzt den iterator wieder zurück. while ( my $hit = $result->next_hit ) { $hitname2 = $hit->name(); while ( my $hsp = $hit->next_hsp ) { print ">" . $hitname2 ; .. } }
  
  Last edited: 2010-03-12 13:08:46 +0100 (CET)
- +2 replies
- renee
  
  2010-03-12 13:00
  
  User since
  2003-08-04
  14371 Artikel
  ModeratorIn
  
  Um Dir wirklich helfen zu können, müssten wir wissen, welche Module Du verwendest. Richtig gut wäre ein kleines lauffähiges Programm, das den Fehler reproduziert.
  
  Im Moment lässt sich nämlich nicht sagen, woran der Fehler liegt. Evtl. bietet das Modul eine Methode zum "zurücksetzen" des Iterators.
  OTRS-Erweiterungen (http://feature-addons.de/)
  Frankfurt Perlmongers (http://frankfurt.pm/)
  --
  
  Unterlagen OTRS-Workshop 2012: http://otrs.perl-services.de/workshop.html
  Perl-Entwicklung: http://perl-services.de/
  - Gast kai
    
    2010-03-14 14:13
    
    Hallo,
    ja das hast du richtig erkannt, $result ist ein Bio::Search::Hit::BlastPullHit object .
    Danke mit rewind ist mein Problem gelöst!
    Last edited: 2010-03-14 14:19:30 +0100 (CET)

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